サブカテゴリがあるかどうか判別するには

<MTHasSubCategories>

<MTHasNoSubCategories>

これらのタグに囲まれた所がそれぞれの条件に当てはまったら
実行されます。

MTで条件分岐：<MTHasSubCategories>MTカテゴリーページにてサブカテゴリーのみ表示する - WEBデザイン　BLOG
http://weblibrary.s224.xrea.com/weblog/mt/custom/mtmthassubcategoriesmt.html