カテゴリ名にアンダーバーを設定したのにハイフンになる

ディレクトリ名のアンダーバーがなぜかハイフンになる。
ありますねぇ。

アーカイブマッピング設定を確認しましょう。
アーカイブテンプレートの下部にあるアーカイブマッピング。
これが

sub-category

みたいになっているとアンダーバーがハイフンになります。

なぜ？

MovableTypeのアーカイブマッピング設定：（−）ハイフンと（_）アンダーバーの置換問題 | moco-moco.com モコモコドットコム
http://www.moco-moco.com/archives/2008/11/mt-filename.php