IEでDIVがうまく配置できない時は

• marginとwidthを同じボックス要素に指定してないか確認する
• 子要素のwidthが親要素のwidthを越えていないか確認する

上記はIE5.5 / 6で特に有効。
7以降はまだ多少はCSSをちゃんと解釈してくれます。

スタイルシートをめぐる冒険: 要素を左右に隙間なく配置することができない
http://norisfactory.com/stylesheetlab/000003.php